Le lien entre le monde religieux et Le Cénacle remonte à la construction de la demeure au 19è siècle. Propriété du pasteur Charles-Martin, la maison a par la suite été revendue à la communauté catholique des Sœurs du Cénacle en 1954. Les Sœurs ont construit la nouvelle aile contenant 45 chambres ainsi que la chapelle et l'oratoire. A la fin des années 1980, elles revendent la propriété à l'Eglise Catholique Romaine de Genève qui en confie la gérance à l'Institut des Côtes des Pères du Saint Sacrement. En août 2002, les Pères quittent la maison et l'Eglise désigne une direction laïque.